- 万石涵翠·万石湖：原为1952年修建的战备水库，由水磨坑溪和樵溪汇流而成，是植物园景观的核心。湖的北侧是松杉园、竹径，南侧为南洋杉草坪，东侧为棕榈岛、百花厅，西侧大坝上种植着华盛顿棕。湖上“春秋”“天趣”双桥成趣，还有“仰止亭”“沧趣亭”等水榭亭台点缀，湖光山色，草木葱茏，构成“万石涵翠”的美景

- 百花厅：呈园中园格局，中心为荷花池，池面荷花、王莲、睡莲等竞相开放。整体建筑为传统中式庭园风格，五组展厅沿池布置，白墙粉柱、琉璃瓦顶，错落有致。厅内常年举办不同主题的展览活动，还可观赏到大花老鸦嘴、扁担藤等百余种植物

- 南洋杉疏林草坪：始建于60年代，由园林大师孙筱祥教授设计，面积约1公顷。以秀丽挺拔的南洋杉科植物为主，东南侧种植有约10公顷的异叶南洋杉林，是我国面积最大的异叶南洋杉纯林之一。邓小平同志曾在此亲手种植一棵大叶樟树

- 小桃源：相传是明末定远侯郑联构筑的“地下别墅”，清康熙年间施琅拓建。过“景通桥”，从“叠翠连云”石刻前进入洞室，可见积沙为峰，有“水心山骨”“渔洞”等诗联题刻多处，因风光类似陶渊明笔下的“桃花源”而得名

- 万笏朝天·象鼻峰：位于蔷薇园区域，“万笏朝天”是厦门旧二十四景中小八景之一。过去万石山上岩石成排，同一朝向，似群臣拿着“奏板”朝拜天子，故而得名，如今虽树木葱郁，但仍留石刻供后人纪念

- 新碑林：为典型的沿海低丘花岗岩地貌，岩石大部分为球状风化体。植物园精选百余幅海内外书法家和名人的书法作品，镌刻于石上，楷行草隶篆俱全，具有很高的观赏价值